Die Umgebung von Troppau war bereits im frühen Mittelalter Zentrum des slawischen Golensicen-Gaues. Hier entwickelte sich schnell eine Kaufmannssiedlung am Handelsweg von Mähren nach Polen. 1195 wird Troppau erstmalig urkundlich erwähnt, 1224 zum ersten Mal als deutschrechtliche Stadt. Přemyslidenfürsten regierten das Troppauer Gebiet seit ca. 1260 selbständig. Im Jahre 1318 wurde die Stadt Residenz des nun selbständigen Herzogtums Troppau, welches von verschiedenen Fürsten beherrscht wurde, bevor es im 17. Jahrhundert direkt dem König von Böhmen unterstellt wurde.
Die Stadt wurde im 16. Jahrhundert während der Reformationszeit durchgehend protestantisch. Vor Beginn des Dreißigjährigen Krieges kam es zu starken Auseinandersetzungen mit dem Bischof von Olmütz wegen der Vergabe des Herzogtums an den Katholiken Karl von Liechtenstein, der Troppau zum Fürstentum erhob. Im Dreißigjährigen Krieg wurde die Stadt wiederholt geplündert. Ein Großbrand im Jahre 1689 vernichtete erneut einen Großteil der Stadt.
Von besonderer Bedeutung für die Entwicklung der Stadt sind die vielen hier ansässigen geistlichen Orden. Bereits im 14. Jahrhundert erbaute der Deutsche Orden die Pfarrkirche Mariä-Himmelfahrt am Oberring. Im Jahre 1625 wurde der Jesuitenorden zur Gegenreformation nach Troppau berufen, wo er bald das Jesuitengymnasium, später Jesuitenkolleg, errichtete. Nach Auflösung des Ordens im Jahre 1773 ging das Gebäude an die Stadt über. Auch die Minoriten (Franziskaner), Dominikaner und der Johanniterorden waren in Troppau über Jahrhunderte vertreten. Erst durch die Josephinischen Reformen in den 1770er Jahren wurden die Klöster der Stadt aufgehoben.
Nach dem Ende des Ersten Schlesischen Krieges 1742 wurde der Großteil Schlesiens preußisch, lediglich die kleineren Gebiete um Troppau, Jägerndorf und Teschen verblieben als „Österreichisch-Schlesien“ bei der Habsburgermonarchie. Deshalb wechselten die obersten Landesbehörden nach Troppau. Auch kulturell wurde die Stadt zu einem bedeutenden regionalen Zentrum mit Landesmuseum und Theater. Zum industriellen Fortschritt in Troppau trug die um 1847 erbaute Eisenbahnlinie bei, welche Troppau an die Nordbahn der K&K-Monarchie anschloss.