Vermutlich wurde die Stadt Ziegenhals schon zwischen 1220 und 1232 auf Veranlassung von Bischof Lorenz von Breslau gegründet, um das südliche Neisser Bistumsland vor den Siedlungsaktivitäten der mährischen Markgrafen zu schützen. Im Jahre 1249 wird die Stadt „Cyginhals“ dann erstmalig urkundlich erwähnt, als Bischof Thomas seinem Ritter Smilo an den Ort angrenzende Wälder zur Aussetzung von Dörfern nach deutschem Recht übergibt. Und 1263 wurden die von den Bau- und Weideplätzen der Stadt zu zahlenden Zinsen festgelegt. Die ersten Siedler werden Bergleute gewesen sein, die hier Goldbergbau betrieben. Der Name der Stadt stammt vermutlich von ihnen und könnte an deren Heimat im thüringischen Ziegenrück oder Ziegenhain erinnern. Ziegenhals wurde schachbrettförmig mit einem rechteckigen Ring in der Mitte und ovalem Mauerring angelegt. Die Stadt wurde am 20. März 1428 durch die Hussiten niedergebrannt. In der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts soll auch eine Burg bestanden haben. 1472 sind erstmals verheerende Überschwemmungen der Biele in und um Ziegenhals herum nachgewiesen.
Im 16. und 17. Jahrhundert wurde in der Umgebung von Ziegenhals Eisenbergbau unter dem Einfluss der Familien Fugger und Thurzo betrieben. Daneben war auch Goldwäscherei in der Biele ein Tätigkeitszweig der Bewohner. Das Mundloch des Stollens „Drei Heilige Könige“, der zur Entwässerung der benachbarten Zuckmantler Stollen diente, endete nahe der Stadt. Sein Wasser wurde auch für den Betrieb einer Mühle genutzt. Die Reformation setzte sich im zum Neisser Bistumsland gehörigen Ziegenhals nie durch. Der Ort blieb demnach durchgehend katholisch. Während des Dreißigjährigen Krieges wurde Ziegenhals 1622 durch die Sachsen besetzt, anschließend von Wallensteins Truppen. Fünf Jahre später wütete in der Stadt eine Pest, an die bis 1945 mit einer Pestprozession erinnert wurde.
Während der Schlesischen Kriege war auch Ziegenhals aufgrund seiner Nähe zur Festung Neisse mehrfach Schauplatz von Kämpfen zwischen Österreichern und Preußen. 1742 wurde der Ort Grenzstadt Preußens, während das nur wenige Kilometer südlich gelegen Zuckmantel bei Österreich verblieb. Das führte zu einem wirtschaftlichen Niedergang. König Friedrich II. von Preußen führte in Ziegenhals jedoch den Flachsanbau ein, was die Weberindustrie in der Stadt aufblühen lies.